Le Hokage est le dirigeant de Konoha. Il est généralement le ninja le plus fort du village, bien que l'idéologie et la renommée soient des critères importants pour le choix de l'élu. Lorsque le siège de Hokage est libre, en cas de mort ou d'incapacité à gouverner du précédent Hokage, le Conseil de Konoha et le conseil du Daimyô du Feu doivent choisir un remplaçant dans les plus brefs délais.
Senju Hashirama
Chakra: Mokuton, Suiton, Doton Spécialité(s): Senjustu et Mokuton
Relation(s): Frère de Tobirama Senju Grand-père de Tsunade et Nawaki Rival de Uchiha Madara
Satut: Décédé
Jouable uniquement par le Maître du Jeu
Senju Tobirama
Chakra: Suiton Spécialité(s): Suiton et Jikûkan Créateur de l'Edo Tensei, Kage Bushin et Shunshin
Relation(s): Petit frère de Hashirama Senju Grand-oncle de Tsunade et Nawaki Sensei de Hiruzen Sarutobi
Satut: Décédé
Jouable uniquement par le Maître du Jeu
Sarutobi Hiruzen
Chakra: Katon, Doton Spécialité(s): Ninjutsu Maitrise toutes les techniques de Konoha
Relation(s): Maitre des 3 Sannins Père de Asuma Sarutobi Grand-père de Konohamaru Sarutobi
Satut: Vivant, Hokage actuel
Jouable uniquement par le Maître du Jeu
Namikaze Minato
Chakra: Spécialité(s): Fûinjutsu, Taijutsu et Jikûkan Créateur du Rasengan
Relation(s): Père de Naruto Uzumaki Mari de Kushina Uzumaki Elève de Jiraiya Sensei de Kakashi Hatake, Obito Uchiha, Rin Nohara